Zonácia PIENAP-u

Vyhláškou MŽP SR č. 319/2004 Z.z. sa s účinnosťou od 1. 6. 2004 ustanovili zóny Pieninského národného parku, ktoré  podľa povahy prírodných hodnôt a na základe stavu biotopov  rozčlenili územie na štyri zóny A, B,C, D. Mapa zón PIENAP-u.

Zóna A

Časti územia národného parku, ktoré predstavujú pôvodné alebo ľudskou činnosťou málo pozmenené biotopy európskeho významu alebo biotopy národného významu, kde cieľom je ochrana prirodzených procesov sa vyčlenili do zóny A s piatym stupňom ochrany.

Zóna B

Časti územia národného parku, ktoré predstavujú biotopy európskeho významu alebo biotopy národného významu, alebo biotopy druhov národného významu, kde cieľom je ochrana týchto významných biotopov alebo druhov sa vyčlenili do zóny B so štvrtým stupňom ochrany. Toto územie súčasne vytvára ochranné pásmo zóne A.

Zóna C

Časti územia, ktoré sú čiastočne narušené činnosťou človeka, ale predstavujú významné prvky územného systému ekologickej stability alebo biotopy európskeho významu alebo biotopy národného významu, alebo biotopy druhov európskeho alebo národného významu sa vyčlenili do zóny C s tretím stupňom ochrany.

Zóna D
Zóna D sa vyčlenila na zachovanie rozptýlených ekosystémov významných z hľadiska biologickej a ekologickej stability a charakteristického vzhľadu krajiny so špecifickými formami osídlenia. Jej súčasťou sú časti sídiel Červený Kláštor, Lechnica, Haligovce a Lesnica a platí v nej druhý stupeň ochrany.
Z územia národného parku majú jednotlivé zóny nasledovnú výmeru:

Po nadobudnutí účinnosti vyhlášky MŽP SR č. 319/2004 Z.z, ktorou sa  na území Pieninského národného parku ustanovili zóny, boli zrušené maloplošné chránené územia NPR Prielom Dunajca, NPR Prielom Lesnického potoka, NPR Haligovské skaly, NPP Aksamitka, PR Kamienska tisina, CHA Pieninské lipy a stali sa súčasťou zón A a B.