Celková rozloha územia, ktoré Správa Pieninského národného parku zabezpečuje z hľadiska ochrany prírody krajiny v zmysle Rozhodnutia ministra životného prostredia SR č. 36/2000-4, je 146 391 ha. Pieninský národný park so svojou rozlohou 3 750 ha z tejto plochy zaberá necelé 3 %, jeho ochranné pásmo (22 444 ha) predstavuje z tejto výmery 15 %. V územnej pôsobnosti Správy PIENAP-u bolo vyhlásených celkom 19 osobitne chránených častí prírody v kategóriách prírodná rezervácia, prírodná pamiatka, chránený areál, chránené stromy a skupina chránených stromov.
Ochranné pásmo Pieninského národného parku spadá do geomorfologickej jednotky Spišská Magura. Spišská Magura vznikla mohutným vrásnením koncom starších treťohôr. Jej centrálno – karpatský flyš tvorí ílovcovo a pieskovcovo – ílovcové súvrstvie. Pohorie je rozdelené na západnú a východnú časť sedlom Magura (956 m). Najvyšší bod je v západnej časti, Repisko (1259 m). Charakteristickým rysom Spišskej Magury sú plošné, hlboké a prúdové zosuvy, ktoré vznikli pri silných zrážkach a topení snehu.
Väčšie kryhové zosuvy zahradili korytá dolín tak, že podnietili vznik jazier: PR Jezerské jazero, PR Veľké osturnianske jazero, PR Malé jazerá, PP Jazero. V pleistocéne sa Spišská Magura nachádzala v tzv. periglaciálnej zóne, striedali sa tu chladné obdobia s teplejšími a vlhkejšími, takže nebola zaľadnená.
Vyvinulo sa tu niekoľko pôdnych typov, najrozšírenejšie sú hnedé lesné pôdy: rendziny typické, hnedé a protorendziny.
Územie Spišskej Magury patrí do obvodu východobeskytskej flóry západokarpatskej oblasti. Živočíšstvo patrí do zóny lesnej západokarpatskej fauny pelearktickej oblasti, sú tu bežné druhy poľovnej zveri: jeleň obyčajný (Cervus elaphus), srnec hôrny (Capreolus capreolus), sviňa divá (Sus crofa) a mnohé ďalšie.
V ochrannom pásme národného parku sa nachádzajú tri prírodné rezervácie (PR) a jedna prírodná pamiatka (PP).
P. č. | Názov územia | Rok vyhlásenia | Kategória | Výmera (ha) |
1. | Jezerské jazero | 1967 | PR | 2,18 |
2. | Veľké osturnianske jazero | 1984 | PR | 45,51 |
3. | Malé jazerá | 1984 | PR | 6,31 |
4. | Jazero | 1984 | PP | 3,47 |