Teplotné pomery
Teplota vzduchu je najdôležitejším kritériom pre rôzne ľudské činnosti, patrí k základným určujúcim charakteristikám klímy. Výšková amplitúda predstavuje v Zamagurí 805 m (od 454 m do 1259 m), čo sa prejavuje aj v zmenách teplotných charakteristík s nadmorskou výškou. Doliny národného parku a jeho ochranného pásma do nadmorskej výšky 800 m n. m. sa nachádzajú v mierne teplej oblasti, ktorá je charakterizovaná počtom letných dní nižším ako 50 a priemernou júlovou teplotou vyššou ako 16ºC. Polohy v nadmorskej výške nad 800 m patria do chladnej oblasti, ktorá je mierne chladná a vlhká.
Priemerná ročná teplota v okolí Dunajca je 6,5 °C, na ostatnom území sa mení podľa nadmorskej výšky a expozície. Hrebeňové polohy sú chladnejšie počas celého roka s priemernou ročnou teplotou 5,5 °C. Počas roka je dlhodobo najchladnejším mesiacom mesiac január s priemernou teplotou -6 °C, najnižšia teplota dosiahla -36,3 °C. Najteplejším mesiacom je júl s teplotou +16 °C. Absolútne maximá sa vyskytujú od júna do augusta s maximom 34,7 °C. Počet mrazových dní, keď teplota vzduchu poklesne pod 0 °C, je v dolinách okolo 140, na hrebeňoch o 25 dní viac. Celé územie je zaradené do oblasti so značne veľkou až veľkou mrazovosťou. Prvé mrazy bývajú okolo 25. septembra a posledné približne 20. mája.
Vlhkosť vzduchu a zrážkové pomery
V Červenom Kláštore je priemerný ročný úhrn zrážok 775 mm zrážok, na hrebeňoch Spišskej Magury vyše 1000 mm. Zamagurie má dostatok vlahy, t.j. prevažujú zrážky nad výparom. Maximum zrážok v území je v júli (asi 120 mm), a minimum v januári (asi 24 mm). Vzhľadom na svoju polohu k prevládajúcemu prúdeniu vzduchu a k Vysokým Tatrám, môže dochádazť v území k nepravidelným kulmináciam zrážkovej činnosti. Tak to bolo 10. júla 1934 kedy za 24 hodín napršalo 117,8 mm zrážok. Podobne tomu bolo 30 júna 1973, kedy v Osturni padlo 116,5 mm zrážok za 24 hodín. Posledná väčšia kulminácia zrážok v území bola 7. júla 1997.
Oblačnosť
Oblačnosť sa v priebehu roka mení: najmenšia je v septembri, najväčšia v decembri. Počet jasných dní v roku je cca 125, počet zamračených 240. Najjasnejšími mesiacmi sú september, október, najoblačnejšími sú január, november a december. Medzi časté úkazy patria hmly – počas roka sa ich tu vyskytuje 56 – 70 dní. Najhmlistejšie mesiace sú august až október.
Snehová pokrývka
Snehová pokrývka sa vytvára v priemere v polovici novembra, vo vyšších polohách o dva týždne skôr. Posledný deň so snehovou pokrývkou je začiatkom apríla, na horách o 2 až 3 týždne neskôr. Premerná výška snehovej pokrývky v sa pohybuje v januári v údoliach okolo 20 cm, na hrebeňoch 40 – 50 cm. Raz za desať rokov môžeme v okolí Červeného Kláštora očakávať snehovú výšku okolo 80 cm.
Vietor
V území prevláda juhozápadné až severozápadné prúdenie. Rýchlosti vetra tu v priemere prevyšujú hodnotu 4 m.s-1. Najveternejším obdobím v území je koniec zimy, najnižšie hodnoty sú koncom leta a začiatkom jesene.