Pieniny patria do provincie Západných Karpát, subprovincie vonkajších Západných Karpát a v rámci nich patria do oblasti Východných Beskýd ako samostatný celok. Ochranné pásmo sa nachádza na severných svahoch Spišskej Magury, ktorá ako celok patrí v rámci subprovincie vonkajších Západných Karpát do oblasti Podhôľno-magurskej. Spišská Magura sa ďalej člení na časť Repisko, s Osturnianskou brázdou a časť Veterný vrch so Staroveskou kotlinou.
Pieninský národný park
Pre územie Pieninského národného parku je charakteristický bradlový aj krasový reliéf so značným zastúpením rôznych povrchových a podzemných foriem. K dominantným povrchovým formám patria riečne prielomy vytvorené eróznou silou vodných tokov. Najväčším je prielom Dunajca, ktorý začína na našom území pri Červenom Kláštore a odtiaľ pokračuje až k ústiu Lesnického potoka pri Lesnici. Dunajec sa tu vrezal do druhohorného súvrstvia bradlového pásma, zloženého hlavne z jurských a kriedových vápencov. Meandrujúci fluviokrasový prielom má antecendentný (zahĺbený do dvíhajúceho sa územia) a čiastočne aj štruktúrny pôvod. Je dlhý 9 km a jeho hĺbka je 200 – 500 m. Nachádzajú sa v ňom zaujímavé skalné útvary: Janošíkov skok, Sedem mníchov, Osobitá skala a ďalšie. Na dne prielomu pod Holicou (828 m.n.m) je silný krasový prameň odvodňujúci túto časť Pienin (výdatnosť 15 -20 l.s-1).
Ďalším riečnym prielomom v Pieninách je prielom Lesnického potoka (Kače), ktorý je však menší. Predstavuje krátku tiesňavu epigenetického pôvodu, ktorá vznikla prerezaním jurských až spodnokriedových vápencov bradlového pásma.
Bohatstvom povrchových a podzemných krasových foriem sa v Pieninách vyznačujú Haligovské skaly vypínajúce sa nad obcou Haligovce. Morfologicky predstavujú veľmi rozčlenený erózno-denudačný skalný reliéf s vysokohodnotnou krajinárskou scenériou. Dôležitým morfologickým činiteľom modelácie haligovského bradla bolo krasovatenie vo vode rozpustných karbonátových hornín. Povrchové formy tu reprezentujú škrapy, skalné ihly a veže, ojedinelou formou je skalná brána a skalný most a tiež suché polokrasové doliny. Podzemné krasové formy tu zastupujú jaskyne. Doteraz bolo preskúmaných a zaevidovaných 23 jaskýň. Ich dĺžka je rôzna od 5 m do 335 m. Sú puklinovo-krasového, fluviokrasového, alebo mrazového pôvodu. Najväčšou z nich je jaskyňa Aksamitka, známa už v dávnej minulosti. Jaskynný vchod sa nachádza v Tupom vrchu v nadmorskej výške 760 m. Je tvorená v strednotriasových až jurských horninách haligovskej sekvencie. Má puklinovo-korózny charakter. Pre jaskyňu sú charakteristické priestranné a vysoké dómy s kvapľovou výzdobou, ktorá je však značne poškodená. Dĺžka jaskynných priestorov je 335 m. Táto jaskyňa je významnou archeologickou a paleontologickou lokalitou. Obýval ju už paleolitický človek. Z ďalších významnejších jaskýň sa tu nachádza Jazvečia jaskyňa, Jezovka, Skrývačka, Zbojnícka jaskyňa, jaskyňa Ementál, Lebka a mnoho ďalších menších jaskýň, ktoré v súčasnosti ešte len čakajú na podrobnejší geologický, prípadne archeologický prieskum. Jaskyne v Haligovských skalách nie sú pre verejnosť prístupné.
Medzi bradlovým reliefom a zahlbeninami vodných tokov sa nachádza zarovnaný relief vo výške 200 až 250 m nad úrovňou dnešných vodných tokov, ktorý je typicky pre územie okolia obce Lesnica, Veľký Lipník a Stráňany.
Ochranné pásmo Pieninského národného parku
V súčasnosti zaberá celé územie ohraničené hrebeňom Spišskej Magury, štátnou hranicou s Poľskom a územím Pienin. Pre územie je príznačný mäkšie modelovaný relief s ktorého len zriedkavo vystupujú tvrdoše v hrebeňových častiach (Repisko, Príslop, Bukovina). Relief v hrebeňových polohách má charakter fluviálne rezanej hornatiny až vysočiny, ktorý prechádza do rázsochovitých chrbtov, ktoré spadajú do Osturnianskej brázdy a Staroveskej kotliny, do ktorej patrí aj dolina potoka Lipník. Územie sa vzhľadom na svoje geologicko-morfologické pomery, vyznačuje intenzívnou výmoľovou eróziou s častým výskytom zosuvných procesov. Svedectvom týchto procesov sú jazierka v katastrálnom území obce Ostrňa a Jezersko, ktoré vznikli zosuvnými procesmi.