Organizmy označované súhrnne ako huby sú vývojovo nejednotnou skupinou a uvádzajú sa v osobitných oddeleniach slizoviek, riasoviek, chytrídií, plesní, vreckatých húb, bazídiových húb a mitotických húb. Na základe zdroja získavania živín ich môžeme rozdeliť na huby saprofitické (rastúce na organických zvyškoch odumretých častí rastlín a živočíchov), parazitické (huby žijúce na úkor iných živých organizmov) a symbiotické (spolužitie húb s inými organizmami vo vzájomnej rovnováhe).
Podľa stanovíšť výskytu môžeme huby vyskytujúce sa na území Pieninského národného parku rozdeliť do viacerých skupín:
Lesné huby terestrické
Vzhľadom na pestrosť drevinového zloženia Pienin (buk, dub, hrab, lipa, jaseň, javor, brest, jedľa, smrek, smrekovec, borovica, …) je bohaté aj zastúpenie húb v nich. Prví zástupcovia húb rastúcich v lese sa objavujú už skoro na jar. Už v marci sa objavujú plodnice strmuľky srieňovej (Clitocybe pruinosa). O niečo neskôr v máji a júni húb v lese pribúda. Vyskytujú sa hľuznatka veternicová (Sclerotinia tuberosa), ušiak obrovský (Gyromitra gigas) a muchotrávka pošvatá (Amanita vaginata), ktorá rastie aj v lete, až do jesene. Najviac húb je v lesoch Pienin v jeseni, kedy rastú muchotrávka červenkastá (Amanita rubescens), šťavnačka slonovinová (Hygrophorus eburneus), tanečnica cesnaková (Marasmius alliaceus), zematka koreňujúca (Xerula radicata),pôvabnica prehnutá (Lepista flaccida), suchohríb žltomäsový(Xerocomus chrysenteron), prášnica bradavičkatá (Lycoperdon perlatum), masliak smrekovcový (Suillus grevillei), masliak lepkavý (Suillus laricinus) a mnohé ďalšie.
Lesné huby rastúce na dreve
Skoro na jar, hneď po roztopení snehu sa na odpadnutých konárikoch objavujú pekné červené ohnivce šarlátové (Sarcoscypha coccinea).Bezprostredne na dreve zoťatých stromov rastie štítovka jelenia (Pluteus cervinus). Vyskytujú sa aj podpňovka obyčajná (Armillaria mellea), práchnovec kopytovitý (Fomes fomentarius), trúdnikovec chlpatý (Trametes hirsuta), trúdnikovec pestrý (T. versicolor) a iné.
Huby nelesných biotopov
Zo všetkých druhov húb rastúcich na lúkach, je potrebné spomenúť lúčnice (Hygrocybe) – lúčnica granátovočervená (H. punicea), lúčnica páchnuca (H quieta), lúčnica šarlátová (H. coccinea), lúčnica snehobiela (H. virginea), lúčnica lúčna (H. pratensis). Okrem lúčnic sa tu vyskytujú aj hodvábnice (Entoloma)– hodvábnica porfýrová (E. porphyrophaeum), prilbičky (Mycena),a rýdziky (Lactarius). Medzi ďalšími druhmi húb rastúcich mimo les môžeme spomenúť rôzne druhy pečiarok – pečiarka poľná (Agaricus campester) a hnojníky – hnojník ozdobný (Coprinus plicatilis). Na jar sa objavujú aj rozpadavec dlabaný (Calvatia utriformis), fúkavec černejúci (Bovista nigrescens) či čírovnica májová (Calocybe gambosa).