Mokradné spoločenstvo v popredí s páperníkmi, foto: V. Kunštárová
Vápencové podložie, veľká členitosť územia a tým aj veľké mikroklimatické rozdiely podmieňujú pestrosť a bohaté druhové zloženie rastlinstva na území Pienin. Striedajú sa tu severné, chladnejšie a vlhkejšie svahy s výhrevnými skalnými stenami a svahmi obrátenými na juh. Osobité postavenie má dolina Dunajca. Pestrá mozaika lesných, lúčnych, skalných, či mokradných biotopov je hlavnou podmienkou pre neopakovateľnú diverzitu fauny na takomto malom území.