Pieninský národný park sa nachádza v severnej časti Slovenska pozdĺž štátnej hranice s Poľskou republikou. Vlastné územie národného parku je tvorené krátkou časťou z približne 550 km dlhého bradlového pásma, ktoré obopína celé Vnútorné Západné Karpaty v dĺžke asi 600 km. Celé Pieniny majú dĺžku cca 29 km a Pieninský národný park má dĺžku cca 14,5 km a najväčšiu šírku okolo 4,8 km. Prevažná časť národného parku patrí do výškového stupňa 429 – 700 m n.m. Na území národného parku dosahujú najväčšiu výšku Vysoké skalky (1050 m n.m.). Ústie Lesnického potoka je najnižším bodom národného parku (429 m n.m.).
PIENAP a jeho ochranné pásmo je charakteristické jedinečnou a zároveň aj esteticky mimoriadne príťažlivou krajinou, ktorá je výsledkom zložitých geologických, geomorfologických a klimatických procesov, spomedzi ktorých sa najvýraznejšie prejavila erózna činnosť vody. Samotné územie Pienin sa okrem toho vyznačuje komplikovanou geologickou stavbou, ktorá podmienila vznik atraktívneho reliéfu skalných stien a veží najrozmanitejšieho tvaru, striedajú sa tu stanovištia od slnečných skál a suchých vrcholov po hlboké tienisté údolia a rokliny, ktoré spolu s prielomom Dunajca vytvárajú výrazné krajinné dominanty. Nakoniec členitosť územia spoločne s pôdnym substrátom a dostatkom či naopak nedostatkom vlahy sa podpísali pod pestré zastúpenie flóry a fauny Pienin.
Územné členenie Pienin
Czorsztynske Pieniny – nachádzajú sa v západnej časti Pienin na poľskom území, tiahnu sa od Zelených Skaliek po sedlo Szopka (780 m n.m.) pod Troma korunami, ich súčasťou sú bralá hradov Czorsztyn a Niedzica.
Centrálne Pieniny – rozkladajú sa po oboch stranách Prielomu Dunajca. Na poľskej strane sú ich súčasťou známe a dominantné bralá Tri koruny (982 m n.m) a Sokolica (747 m n.m), na slovenskej strane zase hrebeň Kláštornej hory (657 m n.m), hrebeň Holice (828 m n.m) a hrebeň Plašnej (889 m n.m.) s Haligovskými skalami.
Malé Pieniny – nachádzajú sa vo východnej časti Pienin a tvorí ich široký hrebeň po oboch stranách štátnej hranice začínajúci nad obcou Lesnica, ktorý pokračuje až k sedlu Rozdiel (802 m n.m.) nad obcou Litmanová. V kontraste s ich pomenovaním sa tu nachádza najvyšší vrchol v Pieninách – Vysoké skalky (1050 m n.m.).
Turisticky najnavštevovanejšími miestami sú Tri koruny a Sokolica na poľskej strane a prekrásny prielom Dunajca na slovenskej strane. Prielom Dunajca a prielom Lesnického potoka sa nachádzajú medzi obcami Červený Kláštor a Lesnica. Je to najhodnotnejšie územie Pienin s hlbokými kaňonmi, s meandrami rieky zakliesnenými hlboko do skál, s bizardnými a neprístupnými skalnými útvarmi a bralami.