Materským substrátom pôd Pienin sú zvetraliny (svahoviny) z rôznych vápencov (kalových, rohovcových, krinoidových, slienitých), zo slieňov a slieňovcov, vápnitých a nevápnitých ílovcov (bridlíc), z prachov a prieskovcov vápnitých i nevápnitých a zo sprašových hlín. Kameň a štrk v pôdach Pienin je cudzorodý. Na území PIENAP-u sa vyskytujú tieto lesné pôdy reprezentované týmito pedokomplexami:
-
skalné steny so sutinami a plôškami litozemí a regozemí karbonátovými
-
rendziny kambizemné, sprievodne rendziny typické a erózne zvyšky pôd
-
rendziny kambizemné, vylúhované, sprievodne rendziny a pararendziny kambizemné
-
pararendziny kambizemné, vylúhované, sprievodne rendziny kambizemné, vylúhované a kambizeme rendzinové