V súlade s geologickou stavbou územia je charakteristickou črtou bryoflóry Pienin jej kalcifilnosť.
Ako význačnejšie druhy Pienin možno spomenúť Apometzgeria pubescens, Frullania tamarisci, Lophozia badensis, Preissia quadrata, Reboulia hemisphaerica, Sphenolobus helleranus, Cirriphyllum piliferum, Cirriphyllum tenuinerve, Eucladium verticillatum, Grimmia teretinervis, Grimmia tergestina, Homalothecium philippeanum, Hylocomium umbratum, Hypnum revolutum, Neckera webbiana, Oxystegus tenuirostris, Plagiopus oederi, Seligeria pusilla, Thamnobryum alopecurum, Timmia austriaca, Trichostomum crispulum a iné.
V Pieninách nachádza svoje životné optimum veľký počet horských (montánnych) druhov, ktoré sa miestami vyskytujú aj masovo, čo je podmienené mikroklimatickými pomermi v lesnom ekosystéme a tiež v Prielome Dunajca. Z pečeňoviek možno uviesť napr. Blepharostoma trichophyllum, lungermannia leiantha, Lepidozia reptans, Metzgeria conjugata, Trichocolea tomentella, z machov Ctenidium molluscum, Cynodontium polycarpon, Fissidens cristatus, Fissidens pusillus, Gymnostomum aeruginosum, Seligeria pusilla, Tetraphis pellucida a iné.
Napriek pomerne malým nadmorským výškam sa tu uplatňujú viaceré druhy severského rozšírenia (druhy subarkticko-alpínske, boreálne a alpínsko-boreálne), z pečeňoviek je to napríklad Lophozia collaris, Lophozia obtusa, Nowelia curvifolia, z machov Brachythecium starkei, Bryum elegans, Bryum schleicheri, Calliergon stramineum, Drepanocladus revolvens, Hypnum revolutum, Plagiobryum zieri, Pseudoleskeela catenulata, Sanioinia uncinata, Timmia bavarica a iné. Z dealpínskych vápnomilných druhov treba spomenúť pečeňovku Scapania aequiloba a machy Orthothecium intricatum, Plagiopus oederi, Thamnobryum alopecurum a Timmia austriaca.
Najbohatšie je v bryoflóre Pienin zastúpený cirkumpolárny element združujúci európsko-severoamerické, európsko-ázijské aj európske kontinentálne druhy. Z pečeňoviek je napr. zastúpený druhmi Apometzgeria pubescens, Calypogeia trichomanis, Chiloscyphus polyanthos, Lepidozia reptans, Lopbocolea heterophylla, Lophocolea minor, Pellia epiphylla, Plagiochila porelloides, Porella platyphylla, Radula complanata, Scapania nemorosa, z machov Anomodon attenuatus, Anomodon viticulosus, Barbilophozia barbata, Brachythecium salebrosum, Bryum pseudotriquetrum, Campylium chrysophyllum, Campylium stellatum, Climacium dendroides, Ctenidium molluscum, Ditrichum flexicaule, Entodon concinnus, Hylocomium splendens, Orthotrichum pumilum, Plagiomnium affine, Pleurozium schreberi, Polytrichum formosum, Racomitrium canescens, Rhizomnium punctatum, Sphagnum quinquefarium, Tortella tortuosa a iné.
Pomerne bohatá je aj skupina kozmopolitov a subkozmopolitov. Z pečeňoviek sem patrí napr. Marchantia polymorpha, Metzgeria conjugata, Metzgeria furcata, z machov napr. Amblystegium serpens, Antitrichia curtipendula, Brachythecium rutabulum, Brachythecium velutinum, Bryum argenteumn, Bryum caespiticium, Bryum capillare, Calliergonella cuspidata, Ceratodon purpureus, Dicranum scoparium, Distichium capillaceum, Drepanocladus aduncus, Funaria hygrometrica, Grimmia pulvinata, Hypnum cupressiforme, Leucodon sciuroides, Plagiomnium rostratum, Plagiothecium denticulatum, Polytrichum commune, Polytrichum juniperinum, Schistidium apocarpum, Tortula ruralis, Weisia controversa a ďalšie druhy.
Hojne sú tiež zastúpené druhy meridionálne, mediteránne, submediteránne a submediteránno-subatlantické, z pečeňoviek sem patrí napr. Pedinophyllum interruptum, z machov Cinclidotus fontinaloides, Cirriphyllum crassinervium, Didymodon luridus, Pissidens pumillus, Gymnostomum calcareum, Homalothecium philippeanum, Homalothecium sericeum, Neckera complanata, Neckera crispa, Orthotrichum cupulatum, Orthotrichum tenellum, Plagiomnium undulatum, Tortula intermedia, Trichostomum crispulum, Weisia condensa a iné.
Ako príklad druhov kontinentálneho prvku s centrom rozšírenia v Oriente možno uviesť Homalothecium lutescens, Rhytidium rugosum a Thuidium abietinum.
Nepatrne je zastúpený eurázijsko-africký prvok. Ako príklad možno uviesť pečeňovku Frullania dilatata a mach Pseudoscleropodium purum.
Spracované podľa: Šoltés, R., 1992: Machorasty. In: Vološčuk, I. a kol.: Pieninský národný park. Banská Bystrica, AKCENT press service, s. 86-89.