Nariadenie vlády SR č. 47/1997 o Pieninskom národnom parku vymedzuje územie a hranice národného parku a jeho ochranného pásma v územnej príslušnosti Prešovského kraja v dvoch okresoch
- Kežmarok
- Stará Ľubovňa
Súčasťou územia národného parku sú katastre 7 obcí:
Červený Kláštor – časť, Haligovce – časť, Kamienka – časť, Lechnica – časť, Lesnica, Stráňany – časť, Veľký Lipník – časť
Súčasťou ochranného pásma sú katastrálne územia 20 obcí:
Červený Kláštor – časť, Havka, Jezersko, Lechnica – časť, Lysá n. Dunajcom, Majere, Malá Franková, Matiašovce, Osturňa, Reľov, Slovenská Ves – časť, Spišské Hanušovce, Spišská Stará Ves, Toporec – časť, Veľká Franková, Zálesie, Haligovce – časť, Stráňany – časť, Veľká Lesná, Veľký Lipník – časť.
Od l. júla 2000 má Správa Pieninského národného parku okrem vlastného územia NP a jeho OP v územnej pôsobnosti aj voľnú krajinu v okrese Stará Ľubovňa, časť Kežmarok (okrem obcí Rakúsy, Mlynčeky, Stráne pod Tatrami, Stará Lesná, ktoré sú v územnej pôsobnosti TANAP-u) a časť Sabinov.
Celková výmera územnej pôsobnosti je 142 442 ha, počet obyvateľov 105 835 k 1. 1. 1997.